酶底物法测定水中总大肠菌群是一种便捷的方法，很多人存在质疑认为数据可能会受到影响，而结果表明酶底物法测定水中总大肠菌群的精确性是非常高的。

在对酶底物法(51孔定量盘法)测定水中总大肠菌群和大肠埃希氏菌过程中的环境因素、培养温度、培养时间和培养方式等因素对检测结果的影响进行了研究。结果表明,温度和培养时间对检测结果有显著影响,而环境因素和培养方式对检测结果的影响不明显;

总大肠菌群和大肠埃希氏菌的培养温度需控制在35~37℃,检测培养时间分别控制在22~28、24~28 h条件下可获得结果;此方法与传统的滤膜法比较,检测结果无显著性差异。