大肠杆菌是人和许多动物肠道中数量最多且最主要的一种细菌，能运动，周身鞭毛，无芽孢，主要生活在大肠中，能发酵多种糖类产气、产酸，是人和动物肠道之中的正常栖居菌。大肠杆菌其代谢活动还能对蛋白质分解产物的微生物生长予以抑制，从而减少其对人体的危害。

近些年来，PCR技术在分子生物学领域得到了迅速发展，并且在现代分子生物学的发展中发挥着非常重要的作用。其基本原理是在四种脱氧核糖核苷酸和模版DNA以及引物的存在下，依靠DNA聚合酶的酶促合成反应。利用PCR技术能够使DNA片段与基因在体外获得特异、快速的扩增。其主要步骤是DAN变形、退火以及延伸。PCR技术被运用于快速检测大肠杆菌，主要步骤是首先浓缩待测菌细胞，经离心沉淀或滤膜过滤将细菌细胞从待检样品中提取出DNA，然后运用PCR技术扩增靶细胞DNA的特异序列，用探针或电泳检测扩增的序列。运用PCR技术来检测大肠杆菌虽然具有较高的灵敏度，然而对于大肠杆菌的定量分析却存在一定难度。因此运用酶底物法程控定量封口机检测水中大肠杆菌就是现下最为常见的方法之一。

基因芯片技术同样发展迅速，化学、计算机学、生命科学等多种学科均被它联结了起来，拥有极强的交叉性，是当前的研究热点。基因芯片技术]就是指利用已经设计好的寡核苷酸或者基因片段按照特定的顺序紧密地排列在芯片上，荧光标记分子经PCR扩增进入微生物样品的DNA，然后和芯片上的寡核酸点杂交，并通过荧光波长扫描仪，利用计算机软件将待检样品的含量分析出来。运用基因芯片技术对食品中的大肠杆菌进行检测，其灵敏度可达2pg。气相色谱和高效液相色谱法,气相色谱原理就是将大肠杆菌细胞经水解、分解、提取以及甲基化、硅烷化等衍生化处理之后，使其尽可能分理出更多的化学组分，然后供气相色谱仪进行检测分析。液上气相色谱分析法又成为顶空气相色谱法，它是通过检测食品或培养基密封系统顶部的微生物其挥发性代谢产物二氧化碳，从而对微生物予以分析和鉴定。将液上气相色谱分析法运用于分析食品受大肠杆菌污染程度，能够避免冗长的样品前处理过程，从而避免有机有机溶剂夹带的杂质干扰分析，还能减少对进样口以及色谱柱的污染。与传统方法相比，液上气相色谱分析法检测快速准、而且灵敏度高。

运用高效液相色谱法来检测大肠杆菌，主要是指运用变性高效液相色谱法。其原理就是将柱温升高，使DNA片段开始变性，然后用较低浓度的乙腈将部分变性的DNA洗脱下来。由于同源双链DNA与异源双链DNA其解链特征不同，在同等变性条件下，异源双链被色谱柱保留的时间比同源双链短，故而能够被先行洗脱下来，从而在色谱图中呈现为双峰或多峰的洗脱曲线。运用变性高效液相色谱法来检测食品中的大肠杆菌，具有操作容易，检测灵敏度高，精确性高，结果重复性高，速度快等优点。综上，除了上述列举的检测方法之外，还有诸如核算杂交技术、ELISA法、IFA法、生物传感法等等。一般情况下，都是对多个方法予以联合使用，从而缩短检测时间和提高检测的精确性。